Bioindicadores servem para monitoramento da qualidade ambiental de um determinado ambiente. As características básicas de um bioindicador: são abundantes; tem elevado número de espécies; são relativamente fáceis de coletar e identificar; e apresentam ampla distribuição geográfica. Nesse trabalho analisamos as comunidades microbióticas do sedimento do Rio São Francisco em 3 ambientes distintos: nascente (controle); área urbana e área de atividades agropecuárias, afim de caracterizar e comparar as comunidades microbióticas e encontrar microrganismos que possam servir de bioindicadores ambientais. Realizamos analises de microbioma, caracterizamos as ordens bacterianas e encontrados organismos que são típicos de um tipo de ambiente e outros que são refratários a determinadas áreas sob um tipo específico de impacto. Estes organismos são potenciais bioindicadores de qualidade do ambiente, sobretudo aqueles encontrados em áreas não impactadas.