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Nos ecossistemas tropicais, os morcegos desempenham um papel crítico cuja perda pode resultar em significativas consequências ambientais e econômicas. Possuem um elaborado sistema de ecolocalização que vem sendo utilizado em amostragens acústicas e permitem diversas análises como a identificação taxonômica, distribuições das espécies, dinâmica populacional e comportamento animal, alterando a necessidade da captura, obrigatória em metodologias anteriores. Contudo, essa amostragem passiva, realizada através da gravação dos sons emitidos pelos morcegos em um ambiente natural exige longas horas de registros e sofre interferências que precisam ser eliminadas, para uma adequada caracterização. Desse modo, o presente trabalho teve como objetivo descrever a técnica de separação dos sons captados pelo aparelho Song Meter BAT +2, a fim de distinguir as vocalizações por meio do software Kaleidoscope, para o tratamento dos dados. Como resultado, foi possível purificar e agrupar as captações sonoras, obtendo-se um padrão que permite as demais caracterizações de interesse. Conclui-se portanto que em bioacústica, a eliminação dos ruídos otimiza o tempo de trabalho ao reduzir significativamente o tamanho dos arquivos. Sem tais procedimentos iniciais, a pesquisa se tornaria exaustiva, devido à análise de muitas horas de arquivos inservíveis, com aumento na probabilidade de erros por parte do pesquisador