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A conservação das polpas de frutas é feita com a aplicação de um tratamento térmico, seguida de congelamento. No entanto, a intensidade do tratamento térmico pode provocar degradação térmica dos nutrientes termolábeis, como vitaminas e pigmentos. O objetivo deste trabalho foi avaliar o impacto da pasteurização convencional por aplicação de calor e da pasteurização por aplicação de micro-ondas nos parâmetros de qualidade química da polpa de maracujá. A polpa foi submetida à pasteurização (com aplicação de calor e por micro-ondas). A qualidade da polpa foi avaliada quanto ao teor de vitamina C e carotenoides. Os dados foram analisados por análise de variância ao nível de significância de 95% e teste de Tukey. O teor de vitamina C da polpa de maracujá foi estatisticamente superior com a aplicação de micro-ondas comparado com a pasteurização convencional. Já o teor de carotenoides, não houve diferenças estatisticamente significativas entre os processos de pasteurização por micro-ondas e convencionalmente. Deste modo, o tratamento térmico com a utilização do micro-ondas foi mais eficiente na polpa maracujá, se comparado com a pasteurização térmica convencional pois minimizou as alterações das características da polpa fresca.